1999年5月，斐根据1997年宪法举行全国大选，以印族为主的斐济工党获胜，乔杜里成为斐历史上第一位印族总理。2000年5月19日，以商人斯佩特为首的武装分子发动政变，推翻乔杜里政府，废除1997年宪法并迫使卡米塞塞·马拉总统辞职。7月，斐大酋长委员会任命副总统伊洛伊洛为总统，伊任命恩加拉塞为总理。2001年3月1日，斐上诉法院判决1997年宪法继续有效，临时政府为“非法”，伊洛伊洛作为“代总统”，其职权到3月15日终止。之后，大酋长委员会再次任命伊为总统，伊任命恩加拉塞为看守政府总理。恩政府宣布于2001年8月25日～9月1日举行大选。恩领导的“团结的斐济党”最终在大选中获胜，成为议会第一大党，被授权组阁。前总理乔杜里为首的斐工党是议会第二大党，但被排除在内阁之外。工党起诉恩政府违宪组阁。最高法院于2003年7月判工党胜诉，恩表示服从判决。但由于双方对内阁部长职位分配分歧较大，恩与乔未能就多党内阁组成达成一致。直到工党于2004年11月同意担任反对党，才使该案件画上一个句号。现各党派开始备战2006年的大选。

斐发生政变后，西方国家纷纷对斐实施制裁。经过几年的努力，斐与西方国家关系已全面恢复。斐在外交方面重新活跃起来，除修复与西方国家的传统关系外，还积极执行北向政策，重视与中国、日本、韩国等亚洲国家的关系，并于2004年初在印度设立了高专署。同时，斐积极参与联合国及地区的维和行动，并主办了一系列地区会议，进一步扩大了其在地区和国际舞台上的影响。2004年10月份，斐还召开了十多年来首次驻外使节会议，强调外交为国内经济发展服务的宗旨。